Na área da freguesia e proximidades, existem
algumas manchas florestais relevantes, como a Mata dos Medos, Pinhal da Aroeira,
Pinhal do Rei e Pinhal do Inglês, alguns incluídos nas Matas Nacionais e
constituídos por comunidades semi-naturais de pinheiro bravo (pinus pinaster) ,
com sub-bosque abundante em algumas zonas, e por uma extensa mancha de pinheiro
manso (pinus pinea), considerada a maior da Peninsula ibérica.
As áreas de matos ocupam substracto arenoso,
exercendo um papel importante na estabilidade das terras junto à arriba que
limita a Freguesia pelo poente.
Na área da Freguesia encontram-se referenciadas 85
espécies de aves, pertencentes a 9 famílias, registando-se a presença acidental
de espécies como o corvo-marinho de crista, a garça pequena e a cegonha. Seis
das espécies referenciadas apresentam estatuto de ameaça, salientando-se rapinas
como a águia de Bonelli, o peneireiro das torres e o bufo real.
Nos termos de uma Directiva Comunitária, algumas
das espécies de aves implicam a classificação do território como zona de
protecção especial.
Do ponto de vista cinegético menciona-se a
existência da perdiz vermelha, da codorniz, da rola, do pombo torcaz e da
tordoveia.
Encontram-se também recenseadas treze espécies de
mamíferos, geralmente de pequeno porte, tendo o morcego de peluche estatuto de
vulnerável. Em termos cinegéticos, regista-se o coelho e a raposa.
A Área de Paisagem Protegida da Arriba Fóssil da
Costa da Caparica ocupa parte do território da Freguesia, tendo sido criada pelo
decreto-lei nº 168/84, de 22 de Maio, com a finalidade de preservar as
características geomorfológicas e paleontológicas, bem como as comunidades
existentes na zona.
Esta arriba estende-se ao longo do litoral da
Península de Setúbal, desde as imediações da Costa da Caparica até perto da
margem norte da Lagoa de Albufeira. No seu interior e em áreas contíguas à
arriba, situam-se os pinhais da Aroeira e dos Medos, que fazem parte da
Freguesia da Charneca da Caparica, estando este último incluído nas Matas
Nacionais e sendo considerado como Reserva Botânica. A espécie predominante é o
pinheiro manso (pinus pinea) com alguma mistura de pinheiro bravo (pinus
pinaster), dispondo de um estrato arbustivo rico e de grande valor florístico.