Na área da freguesia e proximidades, existem algumas manchas florestais relevantes, como a Mata dos Medos, Pinhal da Aroeira, Pinhal do Rei e Pinhal do Inglês, alguns incluídos nas Matas Nacionais e constituídos por comunidades semi-naturais de pinheiro bravo (pinus pinaster) , com sub-bosque abundante em algumas zonas, e por uma extensa mancha de pinheiro manso (pinus pinea), considerada a maior da Peninsula ibérica.

As áreas de matos ocupam substracto arenoso, exercendo um papel importante na estabilidade das terras junto à arriba que limita a Freguesia pelo poente.

Na área da Freguesia encontram-se referenciadas 85 espécies de aves, pertencentes a 9 famílias, registando-se a presença acidental de espécies como o corvo-marinho de crista, a garça pequena e a cegonha. Seis das espécies referenciadas apresentam estatuto de ameaça, salientando-se rapinas como a águia de Bonelli, o peneireiro das torres e o bufo real.

Nos termos de uma Directiva Comunitária, algumas das espécies de aves implicam a classificação do território como zona de protecção especial.

Do ponto de vista cinegético menciona-se a existência da perdiz vermelha, da codorniz, da rola, do pombo torcaz e da tordoveia.

Encontram-se também recenseadas treze espécies de mamíferos, geralmente de pequeno porte, tendo o morcego de peluche estatuto de vulnerável. Em termos cinegéticos, regista-se o coelho e a raposa.

A Área de Paisagem Protegida da Arriba Fóssil da Costa da Caparica ocupa parte do território da Freguesia, tendo sido criada pelo decreto-lei nº 168/84, de 22 de Maio, com a finalidade de preservar as características geomorfológicas e paleontológicas, bem como as comunidades existentes na zona.

Esta arriba estende-se ao longo do litoral da Península de Setúbal, desde as imediações da Costa da Caparica até perto da margem norte da Lagoa de Albufeira. No seu interior e em áreas contíguas à arriba, situam-se os pinhais da Aroeira e dos Medos, que fazem parte da Freguesia da Charneca da Caparica, estando este último incluído nas Matas Nacionais e sendo considerado como Reserva Botânica. A espécie predominante é o pinheiro manso (pinus pinea) com alguma mistura de pinheiro bravo (pinus pinaster), dispondo de um estrato arbustivo rico e de grande valor florístico.